awk -F';' -v OFS=';' '{ if ($1 > 99) print $1,$2 }'

• -F - разделитель для выборки
• -v OFS=';' - разделитель для результата

Пример:

cat 030301_20160607.log | cut -f2 | sort | uniq -c | awk  -v OFS=';' '{ if ($1 > 99) print $1,$2 }'